两省区达成的医疗卫生合作协议主要内容包括：建立疾病防控合作机制，探索建立跨区域麻疹等高发传染病信息通报和干预机制，加强流行性出血热、布病等疫情处置交流合作，完善鼠疫联防联控机制，探索建立公共卫生医师联合规范化培训机制；加强公共卫生和精神卫生机构间合作，实现微生物检测、理化检测等重点实验室仪器设备共享；加强中医领域合作，宁夏邀请甘肃省卫计委、甘肃省中医药管理局作为中阿传统医学国际交流大会的主办方，共同推进两省区中医药、民族医药走向阿拉伯世界；加强两省区中医药文化交流，互换中医药科普宣传资料，共享行业动态信息；加强双方在健康服务业发展领域的交流，鼓励毗邻地区协同工作，鼓励双方优质医疗资源跨省区开展健康服务，推动健康服务信息开发与共享。